定量病理识别与分析

专业数据挖掘

全景病理工作站

PanoATLAS  Workstation

全景病理工作站在系统中主要承担数据挖掘的工作,是系统有效产出的关键环节。决定工作站效能的有三个方面:硬件配置、软件功能、工作流设计,三者的重要性逐级提升。

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全景定量分析包含四个步骤:

组织识别:通过智能软件识别特定组织区域
细胞识别:通过DAPI识别细胞
表型鉴别:通过设定阳性阈值,将符合阈值标准的细胞群设为特定表型
关系推演:通过计算细胞间距离远近,推断细胞间相互作用

定量病理识别软件

影响软件使用体验的主要是功能模块和工作流设计。

智能识别:

借助机器学习算法的优势,高效的对组织和细胞进行识别和拆分,A.I.功能的加入更是为复杂组织的准确识别提供了便利。

表型鉴别:

利用多靶标的重叠,分辨阳性、多阳性细胞,据此划分细胞类群,从而得到不同细胞表型的计数结果。

关系判断:

基于量化的细胞参数,进一步推演组织中的相互关系(context),距离是比较常见的推演依据,“热图”则适合在宏观尺度上表现分布特点。

工作流:

包括算法搭建过程中的逻辑设计,以及批处理时的组合调用。PDOne系统则是从染色环节即开始引入系统的工作流思路,实现更全面的效能优化。

智能识别

• 机器自学习算法
• 自动区分组织类型
• 面积、周长等

• 机器自学习算法
• 自动区分组织类型
• 面积、周长等

表型鉴别

• 多指标同表达
• 双阳性、多阳性

• 阳性表型区分

关系判断

• 细胞浸润水平分析

• 细胞间最小距离分析
• 细胞邻近度分析

批量分析

• TMA芯片分析
• 生存曲线绘制

• 批处理算法
• 数据清洗宝典

专业的数据挖掘

全景病理分析产生的定量数据是非常巨大的,特别是全画幅分析。图像识别主要依赖系统的软硬件性能,数据挖掘则要靠统计学工具的引入和分析策略的优化。

佰诺全景在全景病理数据挖掘方面积累了丰富的经验,并且针对生物和医学实验室的特点,开发了相对简单的分析工具和算法模型,大幅提升用户的学习效率。

案例展示

cd8  cd68  pd1  pdl1  ck 多靶点染色
2019-11-12
泪腺腺样囊性癌组织
PDL1:细胞程序性死亡-配体1,与PD1结合可传导抑制性信号,减低细胞毒T淋巴细胞(CD8+)的增生。 CD8:细胞毒T淋巴细胞标志物。 CK:细胞角蛋白,常见的上皮来源的肿瘤标志物。 CD68: 巨噬细胞(M)标志物。 PD1:程序性死亡受体1,一种重要的免疫抑制分子。可调节免疫系统并促进自身耐受。
多靶点染色
2019-11-12
乳腺癌组织
CD4: 辅助性T细胞(Th)标志物。在B细胞、巨噬细胞、粒细胞和脑组织的特定区域有表达。 PD1:程序性死亡受体1,一种重要的免疫抑制分子。可调节免疫系统并促进自身耐受。 TIM3: 在Th1细胞中表达,也在单核-巨噬细胞、自然杀伤细胞以及树突状细胞中表达。 PanCK:细胞角蛋白,常见的上皮来源的肿瘤标志物。 CD8:细胞毒T淋巴细胞标志物。
多靶点染色
2019-11-12
食管癌组织
SIGLEC:经典的髓系抗原,一种跨膜蛋白,可用于区分髓系与淋巴细胞。在大部分单核细胞中表达,参与黏附过程,可以抑制吞噬等细胞功能。 PDL1:细胞程序性死亡-配体1,与PD1结合可传导抑制性信号,减低细胞毒T淋巴细胞(CD8+)的增生。 CK:细胞角蛋白,常见的上皮来源的肿瘤标志物,主要在上皮细胞中表达的中间丝蛋白。 CD68: 巨噬细胞(M)标志物。在多种免疫细胞和有的肿瘤细胞中有一定表达。
多靶点染色
2019-11-12
膀胱癌组织
CD3: T细胞标志物。 PD-L1:细胞程序性死亡-配体1,与PD1结合可传导抑制性信号,减低淋巴结CD8+ T细胞增生。 PD1:程序性死亡受体1,一种重要的免疫抑制分子。可调节免疫系统并促进自身耐受。 CK:细胞角蛋白,常见的上皮来源的肿瘤标志物 CD8:细胞毒T淋巴细胞标志物。
多靶点染色
2019-11-12
肝癌组织
CD56: NK细胞标志物,大颗粒淋巴细胞、活化的T细胞、成骨细胞、卵巢间质、神经及神经分泌组织、睾丸网细胞、骨骼肌中有表达。 PD1:程序性死亡受体1,一种重要的免疫抑制分子。可调节免疫系统并促进自身耐受。 CD8:细胞毒T淋巴细胞标志物。 TIM3: 在Th1细胞中表达,也在单核-巨噬细胞、自然杀伤细胞以及树突状细胞中表达。 Granzyme B:标示细胞毒性功能活性的标志物,在NK和CTLs细胞中表达。
多靶点染色
2019-11-12
肺癌组织
PDL1:细胞程序性死亡-配体1,与PD1结合可传导抑制性信号,减低细胞毒T淋巴细胞(CD8+)的增生。 CD68: 巨噬细胞(M)标志物。 FoxP3: 调节性T细胞(Treg)标志物 PanCK:细胞角蛋白,常见的上皮来源的肿瘤标志物。 CD8:细胞毒T淋巴细胞标志物。

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