定量病理识别与分析
专业数据挖掘
全景病理工作站
PanoATLAS Workstation
全景病理工作站在系统中主要承担数据挖掘的工作,是系统有效产出的关键环节。决定工作站效能的有三个方面:硬件配置、软件功能、工作流设计,三者的重要性逐级提升。
全景定量分析包含四个步骤:
组织识别:通过智能软件识别特定组织区域 细胞识别:通过DAPI识别细胞 表型鉴别:通过设定阳性阈值,将符合阈值标准的细胞群设为特定表型
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定量病理识别软件
影响软件使用体验的主要是功能模块和工作流设计。
智能识别:
借助机器学习算法的优势,高效的对组织和细胞进行识别和拆分,A.I.功能的加入更是为复杂组织的准确识别提供了便利。
表型鉴别:
利用多靶标的重叠,分辨阳性、多阳性细胞,据此划分细胞类群,从而得到不同细胞表型的计数结果。
关系判断:
基于量化的细胞参数,进一步推演组织中的相互关系(context),距离是比较常见的推演依据,“热图”则适合在宏观尺度上表现分布特点。
工作流:
包括算法搭建过程中的逻辑设计,以及批处理时的组合调用。PDOne系统则是从染色环节即开始引入系统的工作流思路,实现更全面的效能优化。
• 自动区分组织类型
• 自动区分组织类型
智能识别
• 阳性表型区分
• 多指标同表达 • 双阳性、多阳性
表型鉴别
• 细胞间最小距离分析 • 细胞邻近度分析
• 细胞浸润水平分析
关系判断
• 批处理算法 • 数据清洗宝典
• TMA芯片分析 • 生存曲线绘制
智能识别
专业的数据挖掘
全景病理分析产生的定量数据是非常巨大的,特别是全画幅分析。图像识别主要依赖系统的软硬件性能,数据挖掘则要靠统计学工具的引入和分析策略的优化。
佰诺全景在全景病理数据挖掘方面积累了丰富的经验,并且针对生物和医学实验室的特点,开发了相对简单的分析工具和算法模型,大幅提升用户的学习效率。
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